โครงการที่เป็นแนวทางการปฏิบัติที่เป็นเลิศของโรงเรียนคลองหนองใหญ่ (ทองคำ  ปานขำอนุสรณ์) คือ โครงการเสริมสร้างศักยภาพของเด็กและเยาวชน  เพื่อคุณภาพชีวิตที่ดีในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ตามพระราชดำริสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า   ประกอบไปด้วย กิจกรรมเกษตรเพื่อการเรียนรู้   กิจกรรมสหกรณ์นักเรียน   กิจกรรมการออกกำลังกาย  และกิจกรรมอาหารกลางวันและเฝ้าระวังภาวะโภชนาการ 

            กิจกรรมที่มีการปฏิบัติที่เป็นเลิศและการดำเนินการที่สามารถเป็นแบบอย่างที่ดี  คือ กิจกรรมเกษตรเพื่อการเรียนรู้   โดยทางโรงเรียนคลองหนองใหญ่ (ทองคำ  ปานขำอนุสรณ์) ดำเนินการกิจกรรมที่ส่งเสริมให้นักเรียนได้เรียนรู้จากการปฏิบัติจริง ส่งเสริมสนับสนุนให้ผู้เรียนมีทักษะด้านการเกษตร ยึดถือและปฏิบัติตามแนวทางหลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง  พืชผักสวนครัวที่ปลูก ได้แก่ ผักคะน้า  ถั่วฝักยาว  ผักกวางตุ้ง  ผักบุ้ง และผักไฮโดรโปนิกส์  รวมถึงการเพาะเห็ดภูฐาน  ส่วนในด้านปศุสัตว์ มีการเลี้ยงปลาดุกบิ๊กอุยในกระชัง และการเลี้ยงไก่ ซึ่งมีทั้งไก่พันธ์พื้นเมือง และไก่ไข่   

            นอกจากนั้นโรงเรียนยังมีกิจกรรมแปรรูปผลผลิตสบู่สมุนไพร “ฟักข้าว”   กิจกรรมกุหลาบใบเตยหอม  กิจกรรมปลาตะเพียนสาน   กิจกรรมแปรรูปกล้วยน้ำว้าอบน้ำผึ้ง  ทุกกิจกรรมนำผลผลิตมาจากพืชสมุนไพร พืชภายในโรงเรียน

 ผลที่ได้จากการปฏิบัติ  คือ  1) สามารถนำผลผลิตสบู่ออกจำหน่ายให้แก่คณะครูและบุคลากรในโรงเรียน  2) สามารถนำผลผลิตสบู่จำหน่ายในร้านสหกรณ์นักเรียน  3) สามารถนำกุหลาบใบเตยหอมใช้จัดแจกันไหว้พระในวันสำคัญ และนำวางภายในบริเวณห้องต่างๆ เพื่อมีกลิ่นหอมสดชื่น 4) สามารถนำปลาตะเพียนสานแปรรูปเป็นเครื่องประดับเพื่อจัดวางจำหน่าย  5) สามารถนำผลผลิตกล้วยน้ำว้าอบน้ำผึ้งวาง จำหน่ายและส่งเสริมสุขภาพที่ดีของนักเรียนภายในโรงเรียน  6) สามารถนำผลผลิตที่ได้ให้จัดเป็นของที่ระลึกแก่คณะที่มาเยี่ยมชมโรงเรียน