โรงเรียนมีกระบวนการพัฒนาผู้เรียนด้วยวิธีการที่หลากหลายจัดการเรียนรู้เป็นไปตามศักยภาพของผู้เรียนพร้อมทั้งเป็นไปตามมาฐานและตัวชี้วัดของหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน  โรงเรียนดำเนินการวิเคราะห์และจัดทำหลักสูตรสถานศึกษา เพื่อใช้เป็นแนวทางในการจัดทำแผนการจัดการเรียนรู้โดยเน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ มีการออกแบบการจัดการเรียนรู้ที่เหมาะสมกับผู้เรียน และเน้นเรื่องการอ่านออกเขียนได้ของผู้เรียนเป็นสำคัญที่สุด โดยมุ่งพัฒนาให้ผู้เรียนอ่านออกเขียนได้ตั้งแต่ในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 พัฒนาผู้เรียนในด้านทักษะการภาษาการสื่อสาร  จัดทำโครงสร้างรายวิชาภาษาอังกฤษ นักเรียนได้ฝึกทักษะการสื่อสารกับครูต่างชาติ   และปรับหลักสูตรในกลุ่มสาระวิทยาศาสตร์  คณิตศาสตร์ สังคมศึกษา ศาสนาและวัฒนธรรม  โรงเรียนได้พัฒนาครูให้มีความสามารถในการนำเทคนิควิธีสอนให้ตรงตามศักยภาพผู้เรียน    ใช้เทคโนโลยีในการจัดการเรียนการสอน ส่งเสริมสนับสนุนให้นักเรียนได้เรียนรู้เทคโนโลยีและใช้สื่อเทคโนโลยีให้ก้าวทันต่อสถานการปัจจุบัน ใช้สื่ออย่างสร้างสรรค์เพื่อมาพัฒนาความรู้ของตนเอง สนับสนุนให้นักเรียนได้ลงมือปฏิบัติจริง  ใช้กระบวนการคิดและแก้ปัญหา มีแหล่งเรียนรู้และแหล่งสืบค้นข้อมูล ได้แก่ ห้องสมุด  ห้องคอมพิวเตอร์   ป้ายนิเทศ  มุมรักการอ่าน ครูเน้นใช้การใช้คำถามพัฒนาทักษะกระบวนการคิด และเปิดโอกาสให้ผู้เรียนได้นำเสนอผลงานจากกระบวนการคิดและกระบวนการทำงานเป็นกลุ่ม  ฝึกฝนให้นักเรียนสามารถแก้ไขปัญหาจากสถานการณ์จริงการทำงาน เพื่อพัฒนาให้นักเรียนมีกระบวนการเรียนรู้อย่างยั่งยืนโดยคำนึงถึงความแตกต่างระหว่างบุคคล โดยเฉพาะในระดับชั้นมัธยมศึกษา พัฒนาส่งเสริมทักษะทางอาชีพควบคู่ไปกับความรู้เนื้อหา นักเรียนสามารถนำไปปรับใช้ให้เข้าสภาพของตนเอง นักเรียนมีความรู้พื้นฐานทางอาชีพ โดยทางโรงเรียนได้รับการสนับสนุนโรงเรียนฝึกอาชีพคลองเตย และวิทยาลัยดุสิตธานี  สอนอาชีพให้กับนักเรียน ช่างไฟฟ้า ช่างเสริมสวย การบริการด้านโรงแรม การพับผ้า     การจัดดอกไม้ และการเสิร์ฟอาหาร นักเรียนสามารถนำทักษะความรู้พึ่งพาตนเองได้  และสร้างรายได้ช่วยเหลือครอบครัว

โรงเรียนได้มีการดำเนินการเพื่อพัฒนาทักษะชีวิตผู้เรียนให้อยู่ในสังคมได้อย่างมีความสุขเน้นการพัฒนาด้านคุณธรรมจริยธรรมที่เหมาะสมกับวัยของผู้เรียน พัฒนาคุณธรรมผู้เรียนตามหลักสูตร โรงเรียนคุณธรรม เน้นให้ผู้เรียนมีวินัย ซื่อสัตย์ รับผิดชอบ และมีจิตสาธารณะ อีกทั้งมีการจัดกิจกรรมส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรมต่างๆ เช่น สวดมนต์   นั่งสมาธิ  จัดกิจกรรมให้นักเรียนได้เรียนรู้หลักธรรมทางศาสนารวมถึงมารยาทชาวพุทธ โดยมีพระสงฆ์ เป็นผู้ถ่ายทอด โรงเรียนแก่นทองอุปถัมภ์เป็นโรงเรียนในโครงการเสริมสร้างศักยภาพของเด็กและเยาวชน เพื่อคุณภาพชีวิตที่ดีในพื้นที่  กรุงเทพมหานคร  ตามพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี การดำเนินกิจกรรมในโครงการเน้น  4 ด้าน คือการเกษตร  สหกรณ์  โภชนาการ และพลานามัย  โดยมุ่งเน้นส่งเสริมสุขภาพกายและสุขภาพจิตของนักเรียน  นอกจากนี้โรงเรียนมีระบบการดูแลช่วยเหลือนักเรียน การแนะแนว จัดอบรมจากหน่วยงานภายนอน อาทิ สถานีตำรวจ  สำนักอนามัย  สถาบันการสร้างชาติ  ร่วมการแก้ไขปัญหาพฤติกรรมโดยการเยี่ยมบ้านและร่วมมือกับผู้ปกครอง  เพื่อให้นักเรียนมีสุขภาพจิตที่ดี  สามารถอยู่ร่วมกันในสังคมและเป็นที่ยอมรับในสังคม ด้านการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมโรงเรียนดำเนินโครงการโรงเรียนสิ่งแวดล้อมศึกษาเพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน (Eco School) เป็นโครงการที่ สร้างจิตสำนึกที่ดีต่อตนเอง ต่อชุมชนและประเทศชาติ มีวินัย มีความอดทนและ มีกระบวนการเรียนรู้ที่ยั่งยืน เพื่อจัดการปัญหาสิ่งแวดล้อมอย่างเป็นระบบภายใต้บริบทของชุมชนเพื่อปลูกฝังจิตสำนึกที่ดี ใช้หลักบูรณาการร่วมกันระหว่างโรงเรียน ชุมชน หน่วยงานราชการและเอกชน ผู้เรียนเกิดการเรียนรู้อย่างยั่งยืน สำนึกรักถิ่นฐานบ้านเกิด ชุมชนน่าอยู่อย่างยั่งยืน ร่วมกันจัดทำโครงการซึ่งเป็นส่วนที่เกี่ยวข้องกับสภาพปัญหาในชุมชนและสังคม ภูมิปัญญาท้องถิ่น โดยใช้ฐานทรัพยากรธรรมชาติของโรงเรียน ชุมชนเป็นหลัก และใช้พื้นที่ของบึงรับน้ำหนองบอนเป็นพื้นที่ในการศึกษา  ด้วยกระบวนการจัดการเรียนรู้โดยใช้กระบวนการเรียนรู้ 7 ขั้นตอน (7 STEP) ซึ่งเป็นแนวทางของสิ่งแวดล้อมศึกษาเพื่อการพัฒนาอย่างยั่งยืน โรงเรียนจึงพัฒนาเป็นหลักสูตรสิ่งแวดล้อมศึกษา โดยบูรณาการในหลักสูตรทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้  มีการเรียนรู้ในโลกกว้างการเข้าไปศึกษาในชุมชนรอบๆ ผู้เรียนสามารถร่วมกันแก้ปัญหาในชุมชนได้ นักเรียนสามารถเป็นผู้นำและเผยแพร่ความรู้ให้กับเครือข่ายต่างโรงเรียน โดยผ่านกิจกรรมอาทิเช่น  การทำถังดักไขมัน  การบำบัดน้ำเสียในคลอง การปุ๋ยหมักใบไม้แห้ง การทำปุ๋ยไส้เดือน  นอกจากโครงการกิจกรรมดังกล่าวนั้น โรงเรียนจัดกิจกรรม เช่น งานไฟฟ้า  งานเกษตร  ดนตรี  นาฏศิลป์ ส่งสนับสนุนตามความถนัดของนักเรียน ทั้งในด้านกีฬาและดนตรีนาฏศิลป์  โดยโรงเรียนเปิดโอกาสให้นักเรียนได้แสดงศักยภาพและเก็บเกี่ยวประประสบการณ์จากการประกวดแข่งขัน การส่งเสริมการออกกำลังกายทุกวันพุธ เพื่อสร้างภูมิคุ้มกันจาก  ยาเสพติด ฝึกวินัย ฝึกการยอมรับในกฎ กติกา มีน้ำใจ รู้แพ้ รู้ชนะ รู้อภัย

           ในด้านผลการประเมินผลสัมฤทธิ์ทางวิซาการ และคุณลักษณะอันพึงประสงค์ผู้เรียนสามารถอ่านออกตาม มาตรฐานการอ่านในแต่ละระดับชั้น สามารถเขียนได้ดี และมีความสามารถในด้านการสื่อสารภาษาไทยและภาษาอังกฤษตามระดับชั้น จากการส่งเสริมพัฒนาทักษะการสื่อสารภาษาและกระบวนการคิด นักเรียนโรงเรียนแก่นทองอุปถัมภ์ได้ชนะเลิศการแข่งขันกล่าวสุนทรพจน์ภาษาอังกฤษในโครงการ กพด.ตามพระราชดำริ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า  กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ  สยามบรมราชกุมารี  ประจำปีการศึกษา  2562 ผู้เรียน รู้จักการวางแผน สามารถทำงานร่วมกัน ได้ดีตามหลักประชาธิปไตย ผู้เรียนมีความกล้าแสดงออก และแสดงความคิดเห็นหรือวิพากษ์ ได้อย่างสร้างสรรค์ เช่นได้รับรางวัลได้รับรางวัลกลุ่มเยาวชนดีเด่นกรุงเทพมหานคร(ประกายเพชร) ครั้งที่ 14  ในด้านสื่อมวลชน ในด้านความรู้ความเข้าใจและทักษะต่างๆตามหลักสูตร  รวมถึงมีเจคคติที่ดีในการศึกษาต่อในระดับที่สูงขึ้น มีวุฒิภาวะทางอาชีพเหมาะสมกับช่วงวัย และการศึกษาต่อในระดับมัธยมศึกษาปีที่ 6 นักเรียนใช้ แฟ้มสะสมงานและสัมภาษณ์ ได้เข้าศึกษาต่อในระดับมหาวิทยาลัยของรัฐบาลจำนวน 10 คน  สำหรับนักเรียนที่ไม่ได้ศึกษาต่อส่วนหนึ่งซึ่งเป็นผลมาสภาพทางครอบครัวนักเรียนได้นำความรู้จากการฝึกทักษะอาชีพ สามารถไปประกอบอาชีพและสามารถประกอบอาชีพตามสถานที่ประกอบได้เป็นอย่างดี จนเป็นที่ยอมรับของสถานประกอบการ