โรงเรียนตั้งอยู่ในบริเวณวัดแก้วแจ่มฟ้า มีอาคารแยกห่างจากกันประมาณ 150 เมตร โดยมีเจดีย์และโบสถ์อยู่ข้างหน้าอาคาร 1 ไม่มีรั้วรอบขอบชิด และบุคคลภายนอกสามารถเดินผ่านโรงเรียนได้ตลอดเวลา โรงเรียนได้แก้ปัญหาด้วยการจัดทำประตูปิดเปิดด้านข้างอาคาร 1 ทำให้ปัญหาดังกล่าวลดลง สิ่งที่เป็นปัญหาอีกประการหนึ่งคือ ด้านหน้าทางเดินเข้าอาคาร 1 มีเตาเผาสำหรับเผากระดาษกงเต็ก ในช่วงเทศกาลไหว้ บรรพบุรุษ หรือเทศกาลอื่น ๆ ตามประเพณีของจีน เตาเผาจะตั้งอยู่ห่างจากอาคารเรียนประมาณ 15 เมตร เวลาเผากระดาษจะส่งกลิ่นเหม็น มีควันและเศษผงฝุ่นละอองปลิวอาคารเรียนและเข้าห้องเรียน เป็นปัญหาด้านมลพิษ อีกทั้งสภาพของถนนสี่พระยามีมลพิษสูง จากหนังสือการรายงานการวิจัยของกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข มีสารตะกั่วสูง ซึ่งนับว่าเป็นอันตรายต่อสุขภาพนักเรียนและชุมชน นอกจากนี้ โรงเรียนวัดแก้วแจ่มฟ้าเป็นโรงเรียนขนาดเล็ก สภาพทั่วไปของชุมชนเป็นย่านธุรกิจการค้าย่อย นักเรียนส่วนใหญ่มาจากชุมชนแออัด หรือเป็นบุตรหลานของลูกจ้าง หรือบุตรของต่างด้าวที่ไม่มีสัญชาติ และมีวิถีการย้ายเข้า – ย้ายออกบ่อยครั้ง ซึ่งผู้ปกครองส่วนใหญ่ย้ายถิ่นฐานมาจากต่างจังหวัด ประกอบอาชีพรับจ้าง ค้าขาย มีรายได้ปานกลางถึงรายได้ต่ำ ไม่มีเวลาดูแลบุตรหลานในช่วงเวลาก่อนเข้าเรียนและหลังจากเลิกเรียน จึงทำให้ขาดการเอาใจใส่และขาดการส่งเสริมการเรียนรู้จากผู้ปกครอง ส่งผลให้การจัดการเรียนการสอนการจัดกิจกรรมการเรียนรู้ต่างๆ ให้แก่นักเรียนเป็นไปได้ช้า